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酵母菌的有性生殖究竟是如何进行的呢?具体地讲,当酵母菌发育到一定阶段,两个性别不同的细胞(均为单倍体)接近,各伸出一个小突起而互相接触,接触处的细胞壁溶解,两个细胞内的细胞质通过形成的管道融合(称质配),然后两个单倍体的细胞核融合而形成二倍体核(称核配),此时融合细胞成为二倍体。很多酵母菌的二倍体细胞都可以进行多代的营养生长繁殖(如出芽生殖),因而酵母菌的二倍体、单倍体细胞都可以存在。在合适条件下,二倍体细胞的核进行减数*形成子囊孢子,一般形成四个子囊孢子存在于子囊中,亦即原来的二倍体细胞中。子囊孢子可萌发生长成单倍体营养细胞。其中二倍体酵母菌的细胞较大且生活力强,在发酵工业中多被利用。可见,酵母菌的有性生殖是以形成子囊孢子的方式进行。子囊孢子与孢子存在着本质差别,前者是由两种不同性别的细胞,经质配、核配、减数*的过程形成的,属于有性生殖;后者则是亲体直接产生的,不经过两性细胞的结合,属于无性生殖。