从古罗马时期以来，叙利亚和黎巴嫩先后同被罗马、拜占庭、阿拉伯帝国和奥斯曼土耳其帝国统辖，大多数时期同属一个行政区。由于宗教信仰等不同，各大帝国对待叙利亚和黎巴嫩亲疏有别，但总体来看，叙黎之间并无太多历史恩怨。
到了19世纪，由于黎巴嫩的马龙教派和德鲁兹教派冲突，奥斯曼土耳其政府在法国等压力下被迫将黎巴嫩作为保护基督教徒的山地教区与叙利亚分离。一战结束之初，黎巴嫩受法国管辖，而叙利亚则由英国人控制。1920年，国际联盟正式将叙利亚和黎巴嫩委托给法国统治，此后，两国分别于1941年和1943年宣布独立。
叙利亚独立后，国内政治出现过几次波折。1949年和1954年，叙利亚发生了两次不流血政变，更迭了政府。1958—1961年间，它与埃及合并组成了阿拉伯联合共和国。1961年，叙利亚发生政变，脱离了阿联。此后，叙利亚又分别于1963年3月和1970年11月发生两次政变，最终复兴社会党领导人阿萨德掌管了叙利亚。2000年阿萨德去世后，其子巴沙尔接任总统。
黎巴嫩更是命运多舛。在独立后最初十几年中，由于总统、总理和国民议会议长分别由马龙派基督徒、逊尼派穆斯林和什叶派穆斯林担当，黎巴嫩的政治发展一度比较顺畅，经济也较为繁荣。从1958年起，黎巴嫩局势开始变得复杂起来。一方面受泛阿拉伯理想的影响，另一方面随着巴勒斯坦难民的大量涌入，黎巴嫩的穆斯林认为自己的人数增长得快，应该比基督徒掌握更多的国家政权，一度发动了一场试图夺取政权的暴动，但被中央政府在美国军队的帮助下镇压了下去。从这时起，黎巴嫩就再难有宁日。
巴勒斯坦解放组织1970年将总部从约旦迁到黎巴嫩后，多次越过边境向以色列北部发动攻击，但由基督徒控制的黎巴嫩政府却试图遏制巴解组织在黎巴嫩领土的军事行动。因此，巴解组织便在黎巴嫩内部冲突中支持穆斯林。到1975年，黎巴嫩的内乱升级为以本国穆斯林和巴勒斯坦人为一方，以基督徒为另一方的公开战争，这场战争直到1991年才结束，持续了十几年，造成14万人死亡和数百亿美元的经济损失。
在黎巴嫩内战中，3.5万叙利亚军队于1976年以“阿拉伯威慑部队”名义进驻黎巴嫩，至今仍有1.6万人驻扎在黎巴嫩东部。叙利亚这样做有多重目的：一是维持邻国稳定，保护黎巴嫩各族群的和平生活，防止内乱波及本国；二是防止以色列势力进入黎巴嫩；三是以调停内战为由进入黎巴嫩，从而建立自己的势力，达到在地区和国际关系中控制黎巴嫩的目的。
在一定意义上可以说，叙利亚和黎巴嫩之间的关系不仅是中东地区复杂的民族、宗教冲突的缩影，也是不同文明冲突的缩影，还是世界大国矛盾与冲突的缩影。只要叙利亚支持中东阿拉伯国家的立场与做地区强国的目标不变，美国就会对叙利亚保持戒备、敌视甚至打压，叙利亚与黎巴嫩之间的恩怨就不会得到最终解决。