公元前1085年，阿蒙神庙祭司赫利荷尔篡夺王位，建立第二十一王朝，新王国时期结束，埃及人从此进入自己历史发展的衰落时期和外族不断入侵时期。
古埃及在波斯的入侵下灭亡，波斯政权统治古埃及之后，古埃及又经历亚历山大的入侵，沦为亚历山大帝国的一个行省。
亚历山大死后，古埃及又被易主，由托勒密建立的托勒密王朝占据。这一时期的统治者也是历史上富有艳名的埃及艳后克里奥帕特拉七世。但之后屋大维征服埃及，埃及实际成为罗马帝国行省，罗马分裂后，埃及归属东罗马。
在这之后，埃及经历被阿拉伯人统治约两个半世纪和王朝的不断更迭，奥斯曼帝国的占领与拿破仑的入侵，后来还沦为英国殖民地，从这段外族连续不断的入侵史中我们可以看到在古埃及的土地上有许多文明和人种先后与当地交融。由此观之，古埃及人应该不像一些观点认为的那样灭绝了，他们只是和其他民族混血了，变得不再纯粹，或者这也算一种形式的灭绝。不论怎么看待，古埃及人在历史上确实是消失了，后期很少有关于他们的记录了。
创造了那样辉煌灿烂的古埃及最终不可避免的走向衰落，确实令人遗憾。但也许在与其他民族的融合中，他们会创造出更丰富多元的文化，以另一种形式将古埃及文明延续下去。毕竟，人种也许会消失在历史的长河中，但文明总是生生不息。