板蓝根具有清热解毒、凉血利咽的功效，长期服用这类寒凉性质的药物容易伤及脾胃，特别是脾胃虚弱平常就很容易腹泻、怕冷等人群长期或者过量服用板蓝根可能会导致上述症状加重。
儿童不宜长期服用儿童用药要特别注意严格控制用量及用药时间，因为儿童的脾胃功能尚未健全，经常服用板蓝根会损伤胃气，引起小儿消化不良等症状。
长期用容易引起消化道刺激反应板蓝根中所含有有的靛玉红在消化道中吸收缓慢，如果长期服用的话容易造成药物在胃肠道中蓄积，导致直接刺激消化道，造成胃肠绞痛和消化道出血等不良反应。
出现不良反应后当停止服用虽然板蓝根的毒副作用不明显，但是有部分人群在服用板蓝根后可出现过敏反应，如出现腹痛、胺胀、腹泻、忍心、呕吐等胃肠道刺激症状当立即停止服用，避免不良反应症状加重。
服用板蓝根要对症板蓝根预防感冒虽好，但也不能胡乱服用，板蓝根能清热解毒主要针对风热感冒、流行性感冒等热性疾病有效，而风寒感冒、体虚感冒等并不适宜，若不注意区别而盲目服用反而可能导致疾病加重。