由于清热解毒法的适应证多属于西医所说的传染性疾病或感染性疾病的范围，又由于此法所用的方剂和药物在实验中有明显的抑菌和杀菌效果，往往使人在临证时，凡见传染性疾病则不分在表、在里，在脏、在腑，是风、是寒，是湿、是热，即投清解毒法;凡见感染性疾病则不分初起与久病，脓成与未成，己溃与未溃，气血之盛与衰，即投清热解毒法，甚至把具有清热解毒功能的中药与方剂当作西药抗生素使用。凡见西医所说的炎症，即投清热解毒之品。如此造成了此法的泛用、滥用的结果。其危害，轻者使病症迁延难愈，重者致寒凉伤中败胃而贻害无穷。
十年前治疗一汪姓患者，病膝下阴陵泉处流注，在医院消炎三日未曾获效，自己亦通医，用大剂清热解毒之品连服数日，不但无效，反增剧痛，肿漫色白，痛胀彻骨，时届伏天，余谓阴证，必用阳和，因其畏热证，畏炎证，听说用阳和汤面有难色，余细释其因，顿开茅塞，处方为：熟地30克，肉桂3克，鹿角胶9克，白芥子6克，姜炭3克，甘草3克，方中重用熟地温补营血;鹿角胶生精补髓，养血助阳，强壮筋骨;姜炭、肉桂破阴回阳、温通筋脉;麻黄、白芥子通阳散滞而消痰结;甘草解毒而和诸药。欣然服之，尽三剂，寒凝解、流注消。
余有一老师，曾治头部外伤合并感染的女性患者，曾用多种抗生素，感染未愈，后又困于“感染”与局部“炎症”，服十余剂清热解毒药，不仅创口未愈，又见胃脘冷痛，纳呆食少，噫气频作等中阳被伤之证。诊视时，其人已是面色苍白，倦怠乏力，辨为气阴两伤，中焦虚寒，虚焰未熄之证，用益气养阴，温中和胃，引火归源之法，服药六剂而愈。
中医临选方，是在立法前提下进行的，而立法又是在运用中医的辨证思维方法，进行确立证候的前提下进行的。依证立法，依法选方，这也就是通常所说的“法随证立，方从法出”的意思。清热解毒法，一可用于外感热病病中毒热内盛的证候。如湿毒、温疫病程中，或风热疫毒攻冲头面红肿，口糜咽烂，或火热肿毒充斥三焦，而成烦恼、狂乱、吐衄、发斑。如普济消毒饮、黄连解毒汤一类;二可用于火毒蕴结，气壅血滞，热炽肉腐而发痈疽疔疖疮疡，如仙方活命饮、五味消毒饮一类。
总之，清热解毒法，如在辨证的前提下用之，则疗效可靠，如离开中医辨证而泛用，则流弊非浅。究其泛用原因，人多数是因为尚未牢固掌握中医辨证的思维方法，因而容易受到西医诊病论治或实验研究结论的干扰与影响。而一但离开了中医辨证论治的思维方法，丢掉了中医的特色，就难保证其临床疗效了，泛用滥用，其害无穷。可见做一名合格的中医要切实练好辨证论治的基本功，不能通套西医所谓“炎症”，而统施消炎，清热解毒。