主合同和担保合同约定管辖不一致的处理方式： 1、原则上应当根据主合同来确定案件管辖； 2、但如果债权人单独起诉担保人且仅起诉担保人的，则应当根据担保合同确定管辖法院。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》第二十一条 主合同或者担保合同约定了仲裁条款的，人民法院对约定仲裁条款的合同当事人之间的纠纷无管辖权。 债权人一并起诉债务人和担保人的，应当根据主合同确定管辖法院。 债权人依法可以单独起诉担保人且仅起诉担保人的，应当根据担保合同确定管辖法院。
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