乱占耕地建房，处理如下：
1、由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
2、对没有经过有关部门审批擅自建房的行为，人民政府土地行政管理部门一经发现，坚决依法律程序处理，人民法院受案后也必将依法追究法律责任。
《土地管理法》第七十七条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。 超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
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