法律分析：证券公司的商业秘密的保护主要包括保密制度的建立、人员管理、技术防范、合同保密条款约定等方面。保密制度应当明确保密责任、保密期限、保密级别等内容，制度严格执行。人员管理方面应当设立保密管理机构，对员工进行保密教育和考核。技术防范方面，则需要加强网络、服务器、数据存储等安全防范措施。合同保密条款应当明确保密内容、义务、违约责任等。
法律依据：
1.《中华人民共和国商业秘密法》第二条：“商业秘密是指为从事商业活动而取得、使用并能够带来经济利益，不为他人所知悉，有保密要求并已采取保密措施的技术信息和经营活动信息。”
2.《中华人民共和国劳动法》第三十九条：“用人单位应当采取必要的措施，保障职工的劳动安全，防止职业危害，对存在的职业危害应当依照法律法规规定报告、处理和赔偿。”
3.《中华人民共和国合同法》第二百五十一条：“当事人可以约定保密义务。保密义务的内容、范围、期限、违约责任等事项由当事人协商确定。”
以上就是如何保护证券公司的商业秘密的法律分析和法律依据，证券公司在确立保密制度的同时，应当按照相关法律规定合理约定合同保密条款，积极加强技术防范和人员管理措施。
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