(1)两者的主体不同
就业协议专指高等院校应届毕业生与用人单位签订的就业工作协议;而劳动合同是指劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利与义务的协议，这些劳动者既可以是高校毕业生，也可以是其他人。就业协议适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间。而劳动合同只适用于劳动者(含应届毕业生)与用人单位(不含公务员单位和按照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统)之间，与学校无关。
(2)两者的内容不同
就业协议是高校毕业生与用人单位签订的初次工作协议，其主要意义在于将毕业生与用人单位双方互相选择的关系确定下来，一般并没有详细规定双方具体的权利与义务;而劳动合同则指用人单位在与劳动者确定工作关系之后签订的关于双方权利与义务的协议。劳动合同具体包括：劳动合同期限，工作内容，劳动保护和劳动条件，劳动报酬，社会保险和福利，劳动纪律，劳动合同终止的条件，违反劳动合同的`责任等。
因此，毕业生与用人单位签订了就业协议不能等同于签订了劳动合同，毕业生与用人单位在签订了就业协议之后，还必须签订劳动合同，以保护自己的合法权益。目前的实际情况是，通常毕业生到单位工作之后，双方才签订劳动合同。
(3)两者发生问题的处理部门不同
在毕业生就业协议发生问题、需要处理时，一般首先由毕业生和用人单位进行协调，如果取得一致意见，则报送毕业生所属的学校主管部门，由学校主管部门审查认可后，报上级主管部门批准，予以调整。若劳动合同发生问题，则毕业生和用人单位需要向劳动争议调解委员会或劳动仲裁机构报送，请求处理。还可以根据《中华人民共和国劳动法》处理劳动纠纷。
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